PrototypeIl gioco ci porrà nei panni di Alex Mercer, un umano geneticamente mutato senza memoria del proprio passato, determinato a riacquistare i propri ricordi e capire cosa gli sia successo. Il protagonista si ritroverà in una New York flagellata da una battaglia tra l'esercito americano ed una imponente orda mutante, generata da un'epidemia di uno sconosciuto virus mutageno. Alex potrà fare conto su un'ampia gamma di poteri, generati probabilmente dallo stesso virus che infesta le strade di New York, che lo renderanno in grado di mutare il proprio corpo sia per la difesa sia per l'offesa.
Il videogioco fa del free-roaming e della distruzione di massa i suoi punti chiave. Prototype promette un'azione frenetica e violenta grazie alle caratteristiche uniche di Alex. Il movimento, ispirato al parkour e coadiuvato dalle abilità mutanti del protagonista, permette al giocatore di muoversi liberamente per l'ampio scenario ed evitare agilmente ogni tipo di ostacolo, lasciandolo così libero di concentrarsi sul combattimento. Si avrà altresi la possibilità di scegliere se "ingannare o distruggere", ovvero se evitare lo scontro diretto e preferire un approccio più tattico e stealth, o di scatenare la potenza devastatrice di Alex su chiunque si pari di fronte a lui.
Gli sviluppatori specificano che Alex Mercer non uccide gli infetti o i militari con lo scopo di salvare la città, ma unicamente per riottenere la memoria, agendo dunque unicamente per il proprio tornaconto.
Lo stile del personaggio è un'unione fra Hancock, Spiderman, Niko Bellic (GTA IV), Hulk, Kratos ( God of War ) , Jackie Estacado (The Darkness)e Altaïr (Assassin's creed).
Naruto Sennin 
